La primera parada de la visita fueron los
Yacimientos de la Trinchera del Ferrocarril.
A finales del siglo XIX una compañía inglesa decidió explotar una serie de minas ricas en hulla y hierro, en la cercana Sierra de la Demanda y construyó su propio ferrocarril minero. Para salvar la elevación que suponía la Sierra de Atapuerca se trazó una gran trinchera de más de 500 metros de longitud y 20 metros de altura. Esa trinchera dejó al descubierto los yacimientos, aunque hubo que esperar hasta 1978 para que se comenzara a investigar de manera sistemática.
Hoy en día se está excavando y pueden ser visitados los siguientes yacimientos:
La Sima del Elefante. Es el yacimiento en cueva más antiguo que se está trabajando en la Península Ibérica. Los niveles inferiores tienen una antigüedad de más de 1.200.000 años. En 1997 se decidió realizar una excavación de sondeo en la mitad inferior del depósito que aún hoy continúa, y donde han aparecido numerosos restos de animales. La parte inferior, el nivel “unidad roja inferior” de la Sima del Elefante es la localización más antigua de las hasta ahora conocidas en la Sierra de Atapuerca. En la campaña de 2007 se descubrió en uno de sus niveles inferiores una mandíbula humana (aún por determinar) que son los restos más antiguos que se han descubierto en Europa Occidental


Complejo Galería. Esta sima es un conducto vertical que funcionó como una trampa natural en la que se precipitaron animales hace cerca de 400.000 años. Los grupos humanos que en esos momentos ocupaban la Sierra (Homo heidelbergenesis) accedían a su interior por una entrada mucho más accesible que conocemos como la Covacha de los Zarpazos. Este nombre se debe a que en sus paredes aún se pueden ver los zarpazos dejados por los osos que hibernaron en ella hace más de 200.000 años.
Gran Dolina. Es una cueva de más de 16 metros de altura con rellenos de sedimento correspondientes a 11 niveles estratigráficos. En la actualidad se excava en el nivel 10, con una datación de más de 350.000 años, que muestra la existencia de un antiguo campamento de cazadores recolectores pertenecientes a la especie Homo heidelbergensis.
En el tramo inferior destaca el nivel 6 (TD6) donde se han ido recuperando más de 150 restos que pertenecieron a un número mínimo de seis individuos que habitaron la Sierra hace 850.000 años. El estudio de estos restos dio origen a una nueva especie que conocemos con el nombre de Homo antecessor.